Если у вас mysql уходит в swap - значит Вы насткойка совсем верна.
fomistoklus дело говорит - перенести базу в RAM - очень плохая идея.
Настройте правильно mysql и все будет хорошо.
По swap добавлю следующее:
free -m покажет, что в swap есть какие-то данные, но он может и не использоваться в данный момент. Возможно использовался раньше. Убедится в этом можно командой vmstat 1, где si - текущий swap in, а so - текущий swap out.
