Ни на один из четырёх вопросов нельзя дать конкретного ответа. Даже если попытаться, то получится примерно следующее:
1) На тех, которые знаете или готовы изучать, потому что их возможности вас устраивают. Для программирования - IDE вроде Visual Studio, Eclipse и другие, можно даже в Notepad++ по олдскульному хардкору писать и потом собирать через консоль, никто не запрещает. Вопрос лишь в том, удобно ли оно вам будет в процессе и оптимально ли скажется на цикле разработки. Для текстурирования - Adobe Photoshop и прочие аналоги, для моделирования - Autodesk 3ds Max, Maya, Blender и прочие. Для шейдеров и материалов - те же самые IDE + в большинстве SDK для разработки игровых проектов уже идут в комплекте мощные визуальные средства. Для работы с аудио - Ableton, FL Studio, Cubase и прочие секвенсоры, для работы с видео - Adobe After Effect и аналоги. Выбор конкретного софта ложится полностью на вас и у всех он разный.
2) Любой, который позволит получить требуемый результат и который вы знаете, на котором умеете работать и который максимально продуктивно отразится на цикле разработки. От C/C++ до Java и Lua.
3) Любой подойдёт, который по возможностям удовлетворяет требованиям будущего продукта (конечные платформы, поддержка требуемого стека технологий, лицензия, 2D/3D и тд).
4) На вкус и цвет... Сколько людей - столько и мнений. Устраивайте опросы друзей и заинтересованных лиц, исследуйте аналитику опросов других компаний, следите за тенденциями игрового рынка, делайте выводы.
Главное чётко наметьте цели и следуйте им, не ставьте планку выше головы, не ровняйтесь на кого-то, пока у вас не будет несколько законченных рабочих продуктов. Иначе проект будет обречён ещё до старта разработки. 40% Indie-проектов умирает, 50% в итоге полная шляпа и лишь 10% выстреливают. И среди них мало шутеров и RPG, на самом-то деле. Каждый такой проект необычен и уникален, привносящий что-то новое в умирающий сеттинг или вообще открывающий новый.
