Возможно, кому-то ещё поможет, т.к. webdav не всем подходит, иногда всё же нужно хранить файлы локально.

В хелпе яндекса синтаксис исключений указан в таком виде:
exclude-dirs="exclude/dir1,exclude/dir2"
Наверное, автора ввело в заблуждение слово exclude/. Но его всё же подставлять не нужно.

Для примера, если нужно исключить некоторые директории в корне Яндекс Диска, то в конфиге прописать:
exclude-dirs="Загрузки,Программы,Фотокамера"
Тогда эти директории и содержимое локально скачиваться не будут. Для себя оставил одну папку, с которой нужна синхра, остальные занёс в исключения.