Как в ячейке display:table-cell на всю ширину и высоту?

https://jsfiddle.net/2fk9x7bn/27/

Как сделать плавную прокрутку к анкору?

В таком случае, вы можете дать анкорным ссылкам какой-то класс, а в js сменить $(".menu a") на соответствующий класс.