Решал примерно такую же проблему. А вся проблема в том что заббикс работает под учетной записью Zabbix и соответственно на том сервере куда он подключается он тоже пытается делать от учетной записи заббикс. Проблему решил так: отредактировал файл sudousers добавил разрешение использовать команду su. В скрипте прописал смену пользователя на root и далее уже переход на нужный сервер и запуск команды. Если что-то не ясно описал пиши,помому чем смогу