Отвечу сам себе.
Предварительное штудирование интернетов и вопросы коллегам привели к следующим мыслям:

Для подобных систем подходят шаблоны проектирования "repository" и "query object".
Query object умеет строить запросы к БД, repository умеет работать с коллекциями (и использует query object для построения тел запросов).

Слой логики, который будет на них опираться, и есть та самая бизнес-логика приложения. В моем случае получился интересный эффект - много логики вышло на верхний уровень (что вполне ожидаемо, т.к. репозитории отвечают за довольно примитивные вещи), и БЛ стала напоминать длинные скрипты. В скриптах возникли некоторые повторяемые куски, которые (опять таки с аргументированной позиции коллег) были упакованы в блоки на этом же уровне.