for (var i = 1; i <= 5; i++) {
    (function(i) {
        setTimeout(function(){
          console.log(i);
        }, 1000);
    })(i);
}

setTimeout - этот метод выполняет функцию, указанный в первом аргументе, асинхронно, с задержкой в миллисекундах. Javascript в любом случае дойдет до этой строчки и пойдет дальше, а через 3 секунды запустит функцию alert(1),