Eugene7

Я не силен в средствах работы с видео на linux, но посоветовал бы Adobe After Effects. Сам эффект там реализовать будет очень просто и есть много пресетов, сделать скрипт там же в After Effects и запускать задание через Cron.
Главная проблема с запуском After Effects под linux, если сможете решить её, то остальное будет уже не сложно

В связке использовать не получится, интеграция есть только у продуктов Adobe.

Если очень нужно пользоваться этой утилитой то вам нужно будет выводить видео в какой-либо формат, желательно без компресии, а затем уже перекодировать с помощью MediaCoder.

Linux к сожалению не лучшая платформа для видео-монтажа, весь нормальный софт сделан под win или mac.
Если хотите нормально работать с видео на ноуте, то либо берите хороший и дорогой либо смотрите в сторону непритязательного к железу софта, вроде Edius.