Правильно думаете. Скорее всего, у вас пакеты перестали пролезать в интерфейс, смотрите MTU. PPP добавляет свои заголовки, уменьшая размер полезной нагрузки. Во всяком случае, всё указывает на это. Поставьте чета типа mtu = 1400, посмотреть как будет. Ethernet (1500) - IP (20) - PPPoE(8) - TCP(по разному, 20 байт минимум) = 1500-48 = 1452, но я хз, не вникал в теневые носки, так что лучше с запасом