Как заставить винду открывать файлы в Sublime 3?

Если не трогать конфиги, а просто удалить и заново установить сублайм, то все плагины и настройки должны сохраниться.

Может быть эти ссылки помогут:
Первая,
Вторая

Как можно самому выбрать оформление ключевых слов в ST?

Скорее всего, тема не лежит в Packages, можно скачать вручную и положить в папку Packages/Color Scheme - Default.