Константин ™

Нашёл на гитхабе проект DD_J_ShellInstaller для автоматической установки joomla из шелла.

Самое универсальное наверное - CURL + bash.

Копать в реестр.
Искать у пользователя параметр shell и менять путь ведущий к explorer.exe на путь ведущий к mstsc.exe

Ключевые слова для гугла: windows regedit shell