Есть DNS кэш, у него есть время, обычно это час, но все зависит от настроек TTL на DNS сервере. вообще странно настроено у тебя, почему нельзя резервировать адреса для машин?
Проверяй работу DNS с помощью команды nslookup.
Если пакет не устанавливается и не удаляется - то знаю только одно решение:
открываем файл /var/lib/dpkg/status, находим строки о пакете и удаляем их. после чего еще раз пробуем команды.
для таких целей всегда был файл hosts.
UPD. так как до нас не дохидит с 1 раза. чтобы выставить DNS сервер в сети по умолчанию, нужно указывать на DHCP сервере ваш DNS сервер(а).
Думаю что стоит пробросить вообще весь трафик минуя 1 сервер, дабы не писать кучу правил для Iptables.
попробуй использовать VLAN. так ты избавишься от смешивания пакетов внутри GRE.
sudo apt-get purge mysql-server-5.6
apt-get clean
если не помогло, открываем файл /var/lib/dpkg/status
удаляем строки касающиеся mysql-server-5.6, и устанавливаем его заново если нужно.