Могу порекомендовать бэкапить в
облачное хранилище Селектел :-)
Для удобной загрузки файлой подготовлена утилита
supload, которая позволяет заливать только изменившиеся файлы и проверять целостность данных. Так же можно использовать эту утилиту в других скриптах, чтобы реализовать более сложную логику создания бэкапов.
Для подготовки дамба mysql баз удобно использовать утилиту
automysqlbackup, она имеет множество полезных функций и настоек.
Еще одна из полезных утилит для создания бэкапов с различной периодичностью
rsnapshot.