1. добавьте расширение txt mime types :
AddType application/x-httpd-php .php .txt
2. Создайте robots.txt c кодом
<?
if ($_SERVER[HTTP_HOST]=="domain1.ru" } { readfile("robots-domain1.txt"); }
if ($_SERVER[HTTP_HOST]=="domain2.ru" } { readfile("robots-domain2.txt"); }
?>
3. Создайте, собственно файлы robots-domain1/2.txt с контентом для роботов