Emilio

Изменить хостинг. Все нормальные хостинг провайдеры уже давно решили вашу проблему. А еще можно поискать провайдеров которые используют CloudLinux - там каждый пользователь работает в своем пространстве полностью изолированный от всех и каждого пользователя на все есть ограничения и лимиты, эта штука специальна для хостинговых компаний.

каждый сайт должен исполняться от своего пользователя.
Если у вас shared хостинг - то только заводить на каждый сайт отдельного пользователя, отдельно оплачивать и т.д.
Если у вас vds\vps\dedic - то заводите каждый сайт в отдельном юзере.

• Сайты должны работать от разных пользователей.
  
• Если php, то самый дырявый режим apache2 mpm-prefork mod_php.
  
• Запускать скрипты от имени пользователя в режимах apache2 mpm-itk, PHP-FPM, FasCGI, CGI, mod_ruid2