А как узнать когда Вы хотите перейти на управление от потенциометра и наоборот?
Сейчас у Вас: у кого абс. значение больше - тот и победил.
Возможно, если нужно немного и ненадолго "поправлять" мозги автомату, то можно запоминать значение потенциометра и каждый опрос сравнивать с текущим. Если изменилось - то перешли на ручное управление. Через Н сек бездействия вернуть управление фоторезистору, а плавность перехода управления придумается.