На другом форуме подсказали что нужно было сделать для решения задачи :)
/**
 * Calc total discount.
 *
 * @param WC_Cart $cart_object Cart object.
 */
function woo_discount_total( WC_Cart $cart_object ) {
    $coupons = [
        'coupon_code_1',
        'coupon_code_2',
        'coupon_code_3',
    ];
    $applied_coupons = $cart_object->get_applied_coupons();
    if ( ! empty( array_intersect( $coupons, $applied_coupons ) ) ) {
        $discount = $cart_object->subtotal * 0.05;
        $cart_object->add_fee( 'Фиксированная скидка в 5% ', - $discount );
    }
}
add_action( 'woocommerce_cart_calculate_fees', 'woo_discount_total' );