Можно просто создать переменную перед вызовом getConnection

let id;
pool.getConnection(function(err, connect) {
    connect.query(..., function(err, result) {
        ...
        if(!err && result.length !== 0) {
            id = result.id;
        }
        ...
    }
}

Но из-за того, что запросы к БД асинхронные Вы не сможете узнать когда значение запишется в переменную.

По этой причине в асинхронные функции передают коллбэк, который на вход получит результат выполнения асинхронного кода.

function createOrUpdateUsersCallback(err, result) {
    if (err) {
		console.log(err);
	}
	else {
		// Use result.id as you want
	}
}

function createOrUpdateUsers(callback) {
	pool.getConnection(function(err, connect) {
		connect.query(..., function(err, result) {
			if(err) {
				callback(err, null);
			}
			else {
				// Do create or update 
				callback(null, result);
			}

		}
	}
}

createOrUpdateUsers(createOrUpdateUsersCallback);

Но в современном мире с асинхронным кодом проще всего работать через промисы и async/await
На промисах это будет что-то вроде

const createOrUpdateUsersPromise = new Promise((resolve, reject) => {
	function createOrUpdateUsers(callback) {
		pool.getConnection(function(err, connect) {
			connect.query(..., function(err, result) {
				if(err) {
					reject(err);
				}
				else {
					// Do create or update 
					resolve(result);
				}

			}
		}
	}
})

const result = await createOrUpdateUsersPromise();
const id = result.id;