В процессе работы мы много что перепробовали, особенно среди ПО, например, Trello или Jira, но потом пришли к выводу, что лучше всего организовать процесс вживую - это удобнее, нагляднее, проще и намного дешевле. Самый приемлимый вариант для нас оказался - обычная магнитно-маркерная доска с магнитными карточками. Среди карточек нам, например, понравились карточки от aim-cards.com. У них есть варианты для организации различных видов досок - Scrum/Kanban, ну и Agile в целом, а сами карточки можно многократно использовать и стоят недорого.