Сам с таким вопросом не сталкивался, но для конвертации из MathType в LaTex посмотрите на
MathMagic. По крайней мере, заявлена поддержка и MathType, и LaTeX и пакетная обратобка файлов .doc / .docx.
Вобщем, выглядит интересно. Но она только под Windows и Mac. И проприетарная, но версия для персонального пользования есть.
