ENargit

Возможно, в привилегиях.

useradd, вообще-то, по умолчанию запускается только с правами root. CGI, с большой долей вероятности правами root не наделен, и правильно. При «обычном запуске» — Вы от рута запускаете, что оно работает? Или в вашей конфигурации разрешено использование useradd сторонними пользователями?

В крайнем случае — перенаправьте вывод команды useradd… > useradd.log 2> useradd.err.log. И посмотрите, что будет

Мне несколько раз помогала утилита testdisk даже в случаях, когда fsck заканчивался неудачно. Желаю, чтоб до этого дело не дошло, но если вдруг — имейте ввиду.

Проблемные зоны на hdd — легко, если диск поддерживает технологию S.M.A.R.T.

Я на серверах обычно использую CentOS или Gentoo.
Выбор CentOS обусловлен только тем, что очень многие хостеры предпочитают его. И у себя я его использую просто для того, чтоб не путаться в местах, где лежат конфиги и.т.п.
Gentoo нравится гораздо больше(очень нетребовательный, быстрый, гибкий), у меня дома в кладовке стоит именно сервер с Gentoo. Но без опыта настройки Linux-серверов — Вам будет сложновато.
И, кстати, Ubuntu Server / Debian — тоже вполне замечательные варианты.