Мой ответ не совсем про учет, но косвенно решает задачу.
IMHO cам по себе учет бесполезен. А вот работа с литературой повышает эффективность чтения.
Именно поэтому рекомендую перед началом чтения задаться вопросом о целях чтения.
В этом вебинаре я постарался поделиться своей технологией работы с книгой.
Для работы с книгой использую MindManager - рисую карту книги.
Карта прочитанных книг представлена по темам:

Буду рад вашим дополнениям и вопросам.