Я просто в инициализации magnific'а, в delegate использовал :not(.swiper-slide-duplicate).
Типа этого:
delegate: '.tile.swiper-slide:not(.swiper-slide-duplicate) a, *:not(.swiper-slide) > a',
Так просто все дубликаты отсеивает и всё. Не надо никаких скрытых блоков с нужными ссылками