Нету у панели ISP manager никакого «реестра», кроме своего конфига.
Просто в том же phpMyAdmin дайте привилегии свежесозданному юзеру БД на одну из БД, принадлежащих соответствующему системному пользователю. Убежден, что тогда юзер БД станет отображаться в панели.
