Используйте mysql. Если сайт будет развиваться, то sqlite исчерпает свои возможности и придется еще раз переносить. Бэкап mysql делается в том же phpmyadmin одним нажатием, а другим нажатием можно из бэкапа восстановиться.
Хостинги, к тому же, обычно делают бэкапы всего раз в день (иногда чаще). Или позволяют это делать из админки, где обычно можно настроить автоматический бэкап.
Отличий в быстродействии на начальном этапе наполнения вы не заметите.