Вы обращаетесь к MySQL пользователем root по адресу localhost, на что сервер отвечает что доступ запрещен. Это проблема не со стороны phpmyadmin, а сервера.
Попробуйте 127.0.0.1 и посмотрите разрешен ли доступ root'у на локалхост. Вот как выглядит мой конфиг с Webmin'а:
root@localhost
root@s2srv
root@127.0.0.1
Попробуйте Webmin поставить и через него права настроить.