Как вариант можно сделать так:
Сделать из списка раскрывающийся список (или фильтры), тогда если у него и будет возникать прокрутка, то после раскрытия т.е. когда курсор на области списка.
Ещё можно так:
Показывать несколько первых пунктов списка, остальные после нажатия на "показать ещё 10", тогда курсор после нажатия будет на области списка и пользователь привыкнет скролить по нему, когда на нем курсор, а на карту интуитивно догадается перенести курсор, когда ему понадобится использовать скролл на карте
