Или запустить sh-скрипт с возможностью(есть такая?) продолжить работу вручную после выполнения скрипта?
А в чем проблема собственно сперва зайти в каталог, затем запустить баш из вашего скрипта, вот так:
#!/bin/bash
echo this is my script
cd /mydir
bash
