на сколько я знаю, система поиска файлов шаблонов завязана на самом экспресе. Какую бы ты систему шаблонизации не выбрал, подгружаться будет только одна настроенная в экспресе папка.
Решения:
1) использовать подпапки
2) использовать несколько объектов экспресса: по одному на каждый раздел требующий своей папки шаблонов (как советует создатель, Ти Джей, ищи его видео об этом на вимео)
3) на стэковерфлоу был выложен рабочий код поиска шаблона по массиву папок.
который из них рабочий - не помню, пробуй
stackoverflow.com/questions/11315351/multiple-view...