Начинаешь с SE. Это по сути то, на чем базируется вся разработка на java. EE это некий набор спецификаций для разработки серверных приложений. Используется далеко не везде, много где есть se + фреймворки. МЕ сейчас по сути умер. Версию языка можно взять любую начиная с 8 или выше. Для изучения основ подойдет, а разница станет понятна далеко не сразу. Книги читать конечно нужно, но упор все равно на практику-практику-практику.
