До этого писал на PHP + JS но держать 2 разных сервера для обработки PHP и JS сторон
тут я что-то не понял о чем вы...
fullstack SPA приложения на NodeJS с использованием Vue и MySQL - буду очень признателен.
фуллстек SPA ... вы имеете ввиду обращения к БД и обработка пользовательских данных на клиенте? Если так, то вы совсем что-то "голову свою замучали" ))
Начните поэтапно, освойте основы Node.JS + Express. Поработайте с данными, запросами в БД, выводом данных из БД и так далее.
Освойте шаблонизатор и только потом начинайте изучать Vue.JS.
Как поймете основные методы работы с Vue.JS, то реализуете API на Node.JS.
Документация по данным технологиям отличная.
Может быть Node.JS вам показался фронтендом? но это совсем не так, но с помощью node.js + npm можно собрать фронтенд.
Может и я вас где-то не понял, пока прочитал у самого "голова замучась"