Draconian

Сайт от этого работает медленнее? Сомневаюсь.
Вряд ли у вас в обозримом будущем будут сотни тысяч автомобильных брендов и марок, чтобы такие запросы ощутимо тормозили. С точки зрения реляционной БД здесь ничего страшного нет, в общем, особенно, если сканы идут по индексу.

Если уж хотите что-то оптимизировать, добавьте лучше кэширование запросов, может уменьшить время выполнения для части аудитории.

Данные коллекции можно хранить просто на диске, а в БД сохранять ссылку на файл и информацию о самом файле.
Справочники, роли, пользователей, конечно, проще хранить в реляционной БД.

В том, что запрос большой и в нем многабукаф ничего страшного нет, важно чтобы форматирование было единообразное, а если коллегам сложно понять, что запрос делает - пишите комментарии.