Как добавить.html в мой htaccess?

RewriteCond %{REQUEST_URI} !(\.html)$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://%{HTTP_HOST}/$1.html [NS,L,R=301]
Подстройте под себя.

Как задать игнорирование всех доменов кроме указанного в robots.txt?

пробуйте)
Зайдите по fork1.site.org/robots.txt и в нём должно быть только
User-Agent: *
Disallow: /

Как задать игнорирование всех доменов кроме указанного в robots.txt?

@unclechu
для "fork1.site.org fork2.otherdomain.org" в .htaccess прописать
"AddHandler server-parsed .txt"
в robots.txt
< !--#if expr=" \"${HTTP_HOST}\" != \"site.org\" " -- >
User-Agent: *
Disallow: /
Disallow: /admin/
Host: site.org
< !--#endif -->
А поддомены не организованы как virtual hosts ?

Как задать игнорирование всех доменов кроме указанного в robots.txt?

@unclechu Напишите пример адреса форка и сайта открытого для индексации. Не совсем могу понять что конкретно вам нужно)

Как принудительно обновить кэш сценариев logon GPO?

Обращайтесь)

Как задать игнорирование всех доменов кроме указанного в robots.txt?

Что бы поисковик учитывал домен без www, в robots.txt указываем host:вашдомен.ru
Если у вас нет поддоменов, вам достаточно закрыть при помощи disallow папки с форками и иным собержимым, которое не должно быть проиндексированно.