Паша

Было бы не плохо увидеть хоть кусок кода.
По существу, можно извратиться так:

<ul class="menu">
<li><a href="#">lel</a></li>
<li><a href="#">lol</a></li>
<li><a href="#">kek</a></li>
<li><a href="#">cheburek</a></li>
</ul>

$(document).ready(function() {
    $('ul.menu a').each(function () {
        if (this.href == location.href) $(this).parent().addClass('active');
    });
});

Если ссылки у Вас в виде
<a href="#someLink">somelink</a>
То вместо
(this.href == location.href)
используйте
(this.hash == location.hash)

В результате на .menu li активного элемента будет навешен класс active, ну а дальше сами знаете что делать

Для начала могу посоветовать :
1) подшаманить адаптив что бы все корректно отображалось при разр. <=1000px
2) по дефолту картинке бекграунду задать background-size не 100% , а cover, чтобы не было вот такого prntscr.com/fpzhh9
3) вынести скрипты из index.html чтобы их было легче дебажить

На первый взгляд проблема появляется как раз в момент когда ломается адаптив хедера , посмотрите разницу в разрешении 992рх и 991рх
Надеюсь чем нибудь помог, или хотя бы натолкнул на мысль

google > скачать текстовый редактор?

если по сути, могу предложить sublime text, phpStorm

Прошу прощения, z index отрицательный для чего ?

И все же , если бы вам подняли зп на 30% за поддержку ie8+ ?)

Искать простенькие псд и верстать, по мере возникновения, вопросов искать отаеты и соответственно улучшать/углублять свои знания.После того как владеть html / css будешь на уровне позволяющем тебе без подсказок/гугления сверстать любой макет можешь приступать к js.
Сугубо моё мнение, кстати я тоже новичек, если есть желание пообщаться пиши в скайп pash0kk

Окинул взглядом 3 ресурса из первого коментария. Ничего подходящего не нашел, там как и везде взрослые дядьки.
Новички в web'e если вы читаете это и у вас есть желание дружить/развиваться/работать и реализовываться вместе делясь при этом своими знаниями и получая их же от меня к примеру.
Я думаю это было бы круто !!!!
Skype pash0kk
Vk id/17060508