1. Вы уверены, что блокнот у вас имеет заголовок "Untitled - Notepad", а не "Безымянный - Блокнот"?
2. После запуска процесса и перед отображением окна проходит некоторое время. Имеет смысл сделать задержку после запуска приложения и перед получением доступа к его окну
var application2 = Application.Launch("notepad");
Thread.Sleep(500);
var window2 = application2.GetWindow("Untitled - Notepad");