Совершенно не удивлюсь, если просто глючит агент. У меня была точно такая же ситуация с серверами. По факту выяснилось, что никто ничего не заметил и всё отлично работало. "Ок" подумал я и просто забил. Средние потери примерно такие-же и были. Плюс бывает вполне нормальная ситуация, когда пакет просто потерялся по дороге (перестройка глобальных маршрутов и пакет попал на недействующий узел). Да много всего может быть. Доступность 99,28% - это хорошая доступность. Даже очень. Пресловутые 99.99% почти никто не может даже в теории обеспечить, т.к. оч.дорого. Очень-Очень дорого.
Например, берем 2-3 датацентра, покупаем ID для BGP сети, настраиваем кластерную ФС между этими датацентрами, настраиваем BGP в сетях 2-5 провайдеров для каждого из дата-центров. Все это обходится нам в несколько миллионов, если не десятков миллионов рублей, но зато доступность будет примерно 99,98%. Потому что может оборудование глюкануть или словить перегруз, а переключение между нодами кластера хоть и занимает милисекунды, но все равно велики шансы потери некоторых пакетов. А может опять же тупануть на этапе перестройки глобальных маршрутов, а может тупануть DNS сервер клиента и вовремя не отрезолвить адрес, у клиента не откроется сайт, а он будет винить вас. Вариантов - 100500 штук.
У вас всё совершенно нормально с доступностью. Не обращайте даже внимание на подобные потери. В крайнем случае, попробуйте отследить момент провала и зайти на сервер в этот момент. Если не заходит, а потом сразу заходит, значит скорее всего вопрос в маршрутизации, который вы никак не решите. Да и вряд-ли вообще кто-то решит. Если долго не заходит (секунд 20-30-60), значит скорее всего проблема с сервером и пусть разбираются хостеры. Ещё могут быть у них проблемы с провайдером и т.д.