Режим телепата:
1) у Вас просто нет индекса в таблице cities по полю country_id.
Покажите результат выполнения show create table cities;
2) если mysql запущен с дефолтными конфигами - ему тупо не хватает памяти.
Если в папке меньше 1000 файлов - никакие md5 не нужны.
Если папок меньше нескольких тысяч - никакие оптимизации не нужны.
phar в по любому будет медленнее, т.к на чтение с диска и распаковку огромного контейнера будет тратиться дофига ресурсов.