Я разработал и опубликовал библиотеку CryptoProBuilder, которую можно использовать для подписания и других операций - работает через встроенные в криптопро утилиты.
Здесь статья, которая описывает функционал:
https://habr.com/ru/articles/924478/
Здесь пример подписания с визуализацией на Laravel:
https://habr.com/ru/articles/927084/
Все упаковано и загружено на packagist, можно установить через composer.
Можете так же использовать КриптоПро SDK, но для этого придется установить расширение и изучить документацию.