да, нужно использовать middleware, группировки роутов по необходимости
Видео курс Authentication with Slim 3

$xxx = substr("{$arr[0][$x]}", 7);

ну хоть туториал то посмотреть

require 'rb.php';    
R::setup( 'mysql:host=localhost;dbname=mydatabase',
        'user', 'password' ); 
$books = R::find( 'users', ' login=? and pass=? ', [$_POST['login'], $_POST['pass']] );
if(count($books)==1){
  $id = $books[0]['id'];
  echo 'logged';
} else {
echo 'error';
}