Специально только что попробовал:
1. Скачал с сайта последний скайп.
2. Настройки -> Дополнительно -> Снять галочку с «Не убирать Skype с панели задач, когда я в сети». Сохранить.
3. Нажимаем на «свернуть» — скайп в таскбаре. Нажимаем на «закрыть» — только в трее.
