В Sublime Text 3 делаем следующее:
1)Ctrl + H или через панель Find->Replace. На Mac - Command + Alt + F
2)Включаем регулярные выражения (regular expression) - Alt + R. На Mac - Command + Alt + R
3)в поле Find What пишем ^\n. Поле Replace With оставляем пустым.
4) Жмем Replace All