DivineDraft

Изначально, никто не знает размеры вашего блока, исходя из этого и дергается анимация. Вы можете установить к примеру ширину в процентах, что вполне логично, ведь оглавление не может быть больше основного текста. Так же, можно добавить код, который будет вычислять ширину области при загрузке и далее устанавливать ее для блока, что позволит корректно выполнять анимацию.

Можно просто применить стили для ячеек (CSS)

Расположите панели в следующем порядке:
1) Разделите экран на две секции - 1 большая и 2 малая для боковых панелей.
2) В 1 кладите большой элемент и 2 самых нижних.
3) Во 2 малую, кладите те, которые для боковых.
Сохраните.

Бутстрап не знаю, но судя по вашей верстке, нужно перенести нижний section в конец col-md-10, перед закрывающимся /div.