Итак, шаг номер раз:
iptables -L -n --line-numbers
эта команда выведет список всех имеющихся у Вас правил с номерами.
шаг номер 2:
iptables -D INPUT num, где num - номер запрещающего правила.
этой командой мы удаляем запрещающее правило
наг номер 3:
iptables -I INPUT 1 -p tcp -s x.x.x.x --dport 3306 -j ACCEPT
этой командой мы добавляем новое разрешающее правило в цепочку INPUT и ставим его первым. На случай, если у Вас в конце цепочки написано что-то типа -A INPUT -j REJECT --reject-with icmp-host-prohibited
если что-то не получается - пришлите вывод iptables -L -n --line-numbers, бум думать.