Можно разделить эти папки и привести к виду:
Profiles\%username%.V2,V6\
UserApp\%username%\Favorites, Application Data...
UserData\%username%\Desktop, My Documents
Таким образом, самое необходимое будет находиться в папках UserApp, UserData.
И они будут синхронизироваться, по статическому имени, а всё что не нужно пользователю, хранится в Profiles.