В реестре пишется не просто "утрата доверия", а конкретная причина (конкретный пункт конкретной статьи).
СБ в банках при найме сотрудника оценивает риски, а не просто слепо отказывает всем у кого что-то есть.
Я бы больше беспокоился о том чтобы уголовку с таким вот уходом от службы не получить.
Опять же проверить тебя по этому реестру можно будет только при получении твоих паспортных данных, что как бе уже поздний этап собеседования и можно уже объяснить, как ты в этот реестр попал.
PS: кстати, только недавно узнал, но если ты когда-то работал на госслужбе, то ты обязан новому работодателю об этом сообщить, иначе и тебе и работодателю будет плохо. Работодатель обязан подать отчёт, что принял на работу человека, который раньше был госслужащим.