Дмитрий

Я так понимаю речь не только про инструменты, но и про подходы, очень рекомендую книжку
The Art Of Unit Testing с примерами на C#

Также очень рекомендую FakeItEasy, после Moq кажется более интуитивным

зачем нужно делать свой repository на каждую сущность

Не на каждую сущность а только для сущностей, которые выступают корнями агрегатов сущностей. Ну то есть если у вас есть сущность Product и ProductImage к примеру, то репозиторий вы делаете только для продуктов.

Почему нельзя использовать шаблон Repository для работы с несколькими сущностями сразу

Потому что репозиторий представляет некую штуку, которая отвечает за хранение вещей. Например представьте что репозиторий это полка. У вас есть полка для одних штук, полка для других.

Причем полки эти могут содержать различные бизнес правила вдухе "пользователь не может положить на полку больше N продуктов пока не заплатит дополнительную деньгу".

И для каждой сущности будут свои правила как и кто может их где хранить. Банальное соблюдение принципа единой ответственности и разделения обязанностей.

Почему бы не использовать ConcurrentBag ?

1. Никуда не годится. Ключ должен быть числом, это раз. Это влияет на производительность.
2. Допущение об уникальности номеров автомобилей - мрак. Вполне возможна ситуация, когда появятся две машины с одинаковым номером, просто одна из них 100500 лет назад снята с учета.