Используйте
Bulk API, через него загрузка в десятки раз быстрее чем по одному документу заливать.
Правда закидывать всё одним bulk'ом тоже не стоит, практика показывает что пакеты порядка сотни документов за раз - вполне, хотя от размеров одного документа тоже зависит.