Diman89

Такой функционал зачастую есть в NAS: тот же synology позволяет

Total Commander поможет - при совпадении имен спросит что сделать, и ему можно будет ответить "автоматически переименовывать имеющиеся файлы"

ЕМНИП, именно посекторное копирование на диск меньшего размера невозможно (иначе какое же оно посекторное?)
Акронис вроде умел, а вообще с такими вопросами в гугл