В общем, оказалось, что это была не ошибка, а лишь предупреждение и пакеты на деле успешно ставились. Откатил изменения удалив папку /home/yura/.local/lib
GavriKos, Это ведь функция сишной библиотеки.(stdlib.h)
Выполняет строку, переданную ей в качестве аргумента, как если бы эта строка была введена в терминале