Tolik

Можно обойтись небольшим костылем: открыть некую основную директорию в саблайме, а потом в той директории сделать симлинки на другие нужные. В терминале что-то типа
cd ~/ProjectDir && ln -s ~/SubProjectDir SubProject

Как временное решение, запускай указанной командой. Можно скриптик сделать, чтоб даблклик работал